Um es vorweg zu nehmen: zu paint.net kann ich nichts sagen, denn ich kenne es nicht.

Ich verwende schon seit Jahr und Tag IrfanView, eine kostenlose Software, die weit verbreitet ist und nach wie vor weiter entwickelt wird.

So sieht das Menü zur Bildbearbeitung aus:



Ich habe noch nicht versucht eine einzelne Farbe zu tauschen. Die Funktion Farben ändern bietet diese Funktionen:



Die Funktion Farben tauschen tauscht das Farbschema aus.

Ich denke, dass man auch mit IrfanView sehr herum experimentieren muss, um die gewünschten Ergebnisse zu erhalten.